制度經濟學被認為是一個相對獨立的理論學派，他們認同制度在經濟學研究中的重要作用，甚至認為制度是經濟學研究中值得思考的基本問題。因此，該學派的觀點與諸如政治學、社會學以及歷史學等理論觀點截然不同，這些學科認為經濟學不需要考慮制度因素的相關理論，制度分析應歸類于其他學科。
　　在幾乎整個19世紀，英國古典學派占據主導地位，盡管它對經濟制度中的所有權研究非常感興趣，認為它是界定階級結構或者決定政府法律范圍的依據，但是，與第一次將制度分析引入經濟學的傳統古典學派相比，二者并不相容。德國歷史學派和美國制度主義的思想，在19世紀末和20世紀前三十年有著相當大的國際影響，尤其是在美國，制度主義對學術界和羅斯福新政都具有強烈的吸引力。然而，從源頭上看，奧地利學派在與歷史學派的長期辯論中拓展了制度分析維度。從20世紀40年代開始，起源于美國的新古典運動取得了無可爭議的國際霸主地位。然而，事實上新古典主義擯棄了制度主義分析方法。在新古典主義看來，經濟學的中心議題是市場，各種分析集中于理性行為、最優(yōu)化和利己個體之間的均衡，并十分關注效率問題。制度分析和經濟發(fā)展過程中的歷史分析下降到最低程度，甚至被完全忽略。盡管對制度問題的關注仍繼續(xù)出現在諸多分支學科中，如勞動經濟學、產業(yè)組織、大企業(yè)分析以及發(fā)展經濟學，但是毫不夸張地說，20世紀下半葉經濟學主流學派幾乎完全有意識地忽略了制度分析。
　　在20世紀最后二十年，不同經濟學派之間復雜的關系逐漸發(fā)生了變化（霍奇遜，1994）。一個充滿生命力的，具有新古典傳統特點的“新制度經濟學”學派在美國誕生。該學派與早期的主流學派不同，它十分強調制度的重要性，例如，它強調產權制度、市場的治理模式和企業(yè)等級制度等。與此同時，最初的制度經濟學派（舊制度經濟學派）也得以復興。該學派同樣發(fā)源于美國，但主要在歐洲發(fā)展壯大。另外，一些創(chuàng)新性思潮如演化經濟學，也顯示出與這一傳統學派間的緊密聯系。最終，伴隨著20世紀末新自由主義的復興，奧地利學派的復蘇重新開啟了制度經濟學中另一個被長期遺忘的分支。顯然，始于20世紀80年代資本主義國家發(fā)生的大規(guī)模制度變遷、經濟蕭條、部分社會主義國家經濟轉型，以及發(fā)展中國家經濟發(fā)展差異，都與制度經濟學的演化息息相關。面對這些社會現狀，均衡分析和傳統的不變假定分析都顯得無能為力，客觀上需要引入制度分析。此外，伴隨著新古典學派的衰落和制度分析方法的復興，新古典學派在努力拓展其在方法和概念上對制度問題的研究，并體現在諸如公共選擇理論、產權理論、法學經濟學、制度經濟學、契約理論、委托代理等理論的研究中。
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