本系列講述了巴圖國發(fā)生銀行大劫案，地下金庫里的黃金被一群化裝成小丑的劫匪劫走，暑假里正在神探訓(xùn)練營接受訓(xùn)練的巴木和大飛，以及來“騷擾”他們的卡卡妮亞公主，無意中被羅威探長帶去現(xiàn)場，組成“機(jī)甲偵探團(tuán)”，就此開始了追查黃金大劫案的故事。“機(jī)甲偵探團(tuán)”從魔法球里得到了新的線索：黑衣人是混在天空城來訪團(tuán)進(jìn)入亞美特蘭蒂斯的，而這個來訪團(tuán)的團(tuán)長就是翼系徽章主考官飛人喬納森！“機(jī)甲偵探團(tuán)”去往天空城的途中，先是在云層中遭到黑衣人的攻擊，接著又受到機(jī)甲寵物的襲擊……御風(fēng)術(shù)失靈，喬納森失蹤，天空城里危機(jī)四伏，究竟誰是叛徒呢？